然而 ， 随着分子生物学的兴起 ， 这个理论遭到了否定 。 人体内的DNA分子中含有没有明确功能的片段 ， 会随着时间的流逝以一定的速度发生突变 。 因此 ， 利用这些“化石”DNA可以算出两个人之间的遗传差距 ， 算出他们最晚的共同父系或母系祖先生活的年代 ， 进一步又可以推测现代人的迁徙路线 。 研究表明 ， 所有现代男性的父系最近共同祖先（即所谓“Y染色体亚当”）仅生活在20–34万年前 ， 而所有现代人的母系最近共同祖先（即所谓“线粒体夏娃”）只生活在16–20万年前 。 不仅如此 ， 非洲以外的所有现代人的最近共同祖先的生活年代更是不早于5–7万年前！
基于分子人类学和古人类学的综合研究 ， 现在人类学界普遍认为 ， 人类在历史上曾经三次走出非洲 。 第一次是约180万年前直立人走出非洲 ， 他们在几万年的时间里“很快”到达东亚等地 。 第二次是约60万年前海德堡人（非洲直立人的后裔）走出非洲 ， 并在欧洲演化为尼安德特人、在东部亚洲演化为丹尼索瓦人；与此同时 ， 直立人则逐渐灭绝 。 第三次则是现代人（非洲海德堡人的后裔）在5–7万年前走出非洲 ， 扩散到全世界各地 ， 而海德堡人的后裔也逐渐灭绝；只有很少数尼安德特人和丹尼索瓦人通过与现代人交配 ， 才让他们的个别基因留存至今 。
因此 ， 泥河湾遗址群号称涵盖了中国古人类发展的全过程 ， “时间上没有断裂” ， 实际上却分属于三种截然不同的人类遗迹：以上面提到的4个主要遗址来说 ， 马圈沟、小长梁遗址属于直立人遗迹 ， 许家窑遗址属于丹尼索瓦人遗迹 ， 只有虎头梁遗址属于现代人遗迹 。 因此 ， 我们充其量只能说虎头梁人可能是某些现代中国人的祖先；更早的马圈沟人、小长梁人、许家窑人早已灭绝 ， 并不是现代中国人的祖先 。 既然如此 ， 说“东方人类从200万年前的泥河湾走来” ， 也就没有根据了 。
当中华文明起源时 ， 张家口属于偏远的文明边缘
走出非洲到达东亚的现代人 ， 在大约1万年前进入新石器时代 ， 很快又进入农业时代 。 尽管在泥河湾遗址群中也存在从旧石器时代晚期的虎头梁遗址到新石器时代早期的于家沟遗址的序列 ， 表明在旧、新石器时代过渡的阶段 ， 张家口地区是一个重要的人类栖息地 ， 但是当中国其他地区在约8000年前进入新石器时代中期 ， 开始发展出具有鲜明地域特色的农业文化时 ， 张家口地区却变得黯然失色了 。
具体来说 ， 在新石器时代中期 ， 黄河流域有大地沟文化、裴李岗文化、磁山文化、后李文化等 ， 长江流域有彭头山文化、皂市下层文化、城背溪文化、跨湖桥文化等 ， 华南有顶蛳山文化等；但在黄河流域以北 ， 目前只发现了兴隆洼文化 ， 主要分布在滦河至辽河流域 ， 最西只到北京平谷 。 这一时期 ， 张家口地区的考古遗址出现了令人尴尬的缺失 。
直到约5000年前 ， 东亚普遍进入新石器时代晚期、末期 ， 张家口地区才重新出现了人类遗址 。 然而 ， 这时候中国其他地区的农业文化已经高度发达 ， 就像著名考古学家苏秉琦所说的那样呈现出“满天星斗”的局面 。 在黄河流域 ， 马家窑文化、仰韶文化、北辛－大汶口文化以及较晚的龙山文化熠熠生辉；在长江流域 ， 大溪文化、屈家岭－石家河文化、河姆渡－良渚文化璀璨生光；在辽河流域 ， 红山文化出土的玉龙和女神雕像震惊国人 。 相比之下 ， 张家口地区的三关、姜家梁、贾家营等遗址虽然也被划入到一个独立的“雪山文化”的范畴之内 ， 却几乎没有自己的特色 ， 而是深受周边的红山文化等强势文化影响 。 一言以蔽之 ， 到新石器时代晚期 ， 张家口地区不过是偏远落后的文明边缘 。
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