你是否会遇到用MEGA作图出现No Common Sites等问题呢？那么试试PAUP作图吧~
需要这些哦
MEGA
PAUP
方式/
1先将基因家族的卵白质序列清算并导入MEGA软件
2然后再经由过程Align by Muscle的方式 ， 将卵白质的序列进行比对
3将比对好的成果另存为如图格局 ， 便利下一步操纵PAUP建树
4将保留的文件XXX.nexus格局 ， 导入PAUP软件中
5此次临时只介绍NJ建树法 。
导入后 ， 起首确定外群的名字 ， 假如外群为>PT1 ， 那么输入
outgroup PT1 按下回车（注重outgroup后有英文的空格）
6然后按下号令行
【MEGA无法画进化树，那就用PAUP呀】Set criterion=distance 回车
再按下号令行
Bootstrap search=nj nreps=1000 keepall 回车
然后
contree 回车
这时辰会呈现进化树的图 ， 如下图所示
7最后一步保留 ， Savetrees from=1 to=1000 ， 然后就会保留在桌面了 ， 为XX.tre格局
8最后用ITOL在线网站http://itol.embl.de/login.cgi ， 处置XX.tre图 ， 以获得本身最抱负的图形 。 ITOL功能很壮大哦 ， 能做出各类组合图 ， 可以加上各类颜色的 。
注重事项必然注重是中文空格！！！~~
以上内容就是MEGA无法画进化树 ， 那就用PAUP呀的内容啦 ， 希望对你有所帮助哦！
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