在梦中 ， 视网膜和初级视觉皮层都被抑制 ， 而更高阶的分析存储皮层如海马旁皮层则活跃地自给自足 ， 从过去的经验中提取信息 ， 造出各种视觉影像 。 同样活跃的脑区还包括主管情绪的边缘系统（譬如杏仁核） ， 于是许多梦带有强烈的负面情绪 ， 特别是焦虑和恐惧 。
除非是清醒梦 ， 或者梦境特别刺激 ， 否则掌管逻辑推理与工作记忆的前额皮层在梦中往往处于抑制状态 。 这也是为什么梦不管多么离奇荒诞 ， 我们在梦里都难以看出破绽 ， 还常常一醒来就忘掉刚做的梦 。 只有在极为罕见的“清醒梦（lucid dream）”里 ， 梦者负责推理的背外侧前额叶相当活跃 ， 因而能觉察梦境中的不合逻辑之处 ， 甚至能如《盗梦空间》一般控制梦的走向 。
在梦中 ， 运动皮层能产生电脉冲指令 ， 但由于胆碱能信号触发抑制性回路 ， 导致这些指令只能到达脊髓上端 ， 无法到达控制肌肉收缩的效应器 ， 某种意义上说 ， 梦中的人是处于高位截瘫状态的 ， 这也是“鬼压床”的原理——如果你感知皮层被唤醒但运动皮层的指令还不通畅 ， 就会发现自己动弹不得 。
万一脑中抑制性回路受损 ， 做梦的人就可能做出种种动作 。 五十年前法国研究者米歇尔?朱维特（Michel Jouvet）拿猫做过实验 ， 发现脑桥中的蓝斑（Locus Coeruleus）受损后 ， 猫在梦中会做出捕猎躲避等动作 。
【天生失明的人，梦里会有颜色吗？】类似地 ， 改变一个人的大脑 ， 就能影响他的梦 。 抗抑郁药物能改变脑内的神经递质 ， 服用者有时会做更多的梦 。 有研究者对正做梦的人施予穿颅磁刺激 ， 成功削弱了他在梦中体验到的灵魂出窍感 ……有朝一日 ， “盗梦”乃至“在梦中植入理念”未必不能实现 。 通过操纵梦境 ， 我们或许能夜夜度过更为愉快的两小时 。

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