1、感病严重的棉籽 。枯、黄萎病是制约棉花产量的顽症之一 ， 棉籽又是病菌的载体 。病菌可以随着棉籽迅速传播 。因此 ， 枯、黄萎病严重地区的棉种 ， 不能调入感病轻的棉区 ， 更不能调入无病棉区 。伏前桃和晚秋桃棉籽 。伏前桃和晚秋桃生长发育不良 ， 成熟度差 ， 铃重轻 ， 种子发芽率低 ， 长势脆弱 。
2、剥桃花的棉籽 。有些棉农对发育较为充分的伏桃 ， 仍然有抢墒剥桃花的陋习 。凡剥桃花的棉籽 ， 由于没有充分成熟 ， 更没有完成后熟作用 ， 不能推向市场 。喷施了乙烯利的棉籽 。喷施乙烯利虽可促棉花早熟3～4天 ， 但对棉籽损伤较大 ， 使棉种发育不全 ， 不能做种 。
【如何选择棉花种子（选择棉花种子的方法）】
3、退化严重的品种 。棉花是异交作物 ， 异交率在8%左右 ， 有些棉农多年没有更换新的品种 ， 棉种纯度只有70～80% ， 品质退化严重 ， 继续使用必将导致减产 ， 品质下降 。与农药、化肥一起存放的棉籽 。有些农户将棉籽与农药、化肥长期存放于一个仓库且通气不良 ， 由于农药、化肥散发的有毒气体损伤棉籽 ， 造成发芽率降低 。
4、储存年代过久的棉籽 。棉种存放半年一般发芽率在80%以上 ， 在无低温冷藏设备的情况下 ， 棉种的寿命与储存年代呈负增长 。水泥晒场上晒过的棉籽 。在水泥晒场上晒含水量较高的棉籽 ， 由于呼吸强度旺盛 ， 造成棉种生理机能失调 ， 部分棉籽形成哑籽 ， 失去发芽能力 。
5、机械损伤过重的棉籽 。精加工的包衣棉种中 ， 机械损伤率应控制在2%以内 。破籽率超过2%以上的棉籽 ， 受药物浸染过重 ， 对发芽率影响很大 ， 破籽率过高就不宜于作种用 。

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